嘉靖年间以来，由于朝廷昏庸，官员腐败盛行。再加上连年水、旱、虫 等各种灾害，许多地方赤地千里，毫无收成，百姓生活十分艰难。
朝廷和各地官府没有税收，导致从地方官府和中央政府府库十分空虚。张居正改革税赋制度，戮力推行“一条鞭法”，清丈地亩中查出来官僚、地主豪强瞒下的田亩数，确实增加了国家财政收入。然而，改革毕竟开始的时间不长，税收增加得不多，府库也不是十分丰盈。这样，后宫又无端增加许多突然冒出来的大量开支，府库支出自然是捉襟见肘，经受不起。
张居正对此十分着急，本来想对万历直言相劝，但考虑到皇上已成长为一个英俊青年，再不是那个小孩子，得讲究点策略才好。要不然，达不到目的，还弄得双方都不痛快。
张居正对此正在感到烦恼，机会终于来了。
张居正微笑着对张学颜说：“听说你自辽东调户部之时，百姓依依不舍地送别数十里之外，攀辕卧辙，哭声载道。堪称爱民如子，操守高洁，日后必能成就大业！像你这样的官吏越多，则是江山之福，黎民之福啊。”
在文华殿日讲中间休息时，给事中张栋梁为江南百姓呈上疏文曰：“臣在应天，闻淮北居民食草根树皮至尽，甚至几户村民全家出来抢那些豆萁菱杆之类，碾碎用来充饥。江南许多地方，做饭的抢食稻谷，饥饿的农民哄抢运往皇宫的漕粮，如此混乱的局面，像去年闹饥荒的情况一样。可是江南今年并没闹水旱灾害，不知为什么饥荒如此严重，竟闹得鸡飞狗跳，沸反盈天？进了镇江地面以后，斗米百钱。到了苏杭，增到了斗米一百三、四十钱不止。致使商船不敢靠岸，米店几乎罢市。百姓们饿得嗷嗷直叫，聚众抢劫。甚至有许多人放火烧大户人家的府第。幸亏当地州、县派兵镇压，才剿灭刁民闹事。经察四乡八邻，百姓确实一贫如洗。今天百姓尚知讨贼催科，只恐百姓自己做贼，谁为我皇上催赋要税呢？”
一篇奏疏读完，张居正已是泪流满面。他嗓音哽咽，请皇上拿主意。万历低头默然不语。
张居正抓住这个机会，第二天上朝时，将一篇《雝肃殿笺》呈给万历。又当面说：“圣上爱民如子，而在外的一些官吏营私背公，盘剥百姓，欺骗皇上，应该狠狠以法治罪。近年来，宫中岁入则减于旧，岁出则浮于前，皇上应当加意撙节于宫中，量入为出，罢节浮费，一切用度、服饰、赏赉、布施等项，该裁减的裁减，该禁止的禁止。我这篇奏疏，写的就是这个意思。望皇上体察万民疾苦，诏准执行。”
没有几天，万历皇帝“忍痛”批转下发了张居正的奏疏，宫中的花费果然裁减了许多。
张居正见初步取得成果，对此非常高兴。从这件事上，他看到自己在万历皇帝心中确实占有重要位置。
渐渐地，张居正近来隐隐约约觉得，朝野的议论似乎对自己不利。
几年前，他就发现许多书院以讲经说史为名，聚集士人官吏，肆意议论朝政，诽谤朝廷官员，一些官吏的灾祸，其根源皆由此起。
“夺情”风波过后，他把那些同自己有龌龃的官吏，或降职，或戍边，或致仕，或免职，着实处理了一大批，削去了自己一块心病。心说，这帮人也该消停一阵了。
然而，反对他的人不但没有减少，行为并未收敛，反而势力大增，张居正对此深为忧虑。唉，清谈误国啊。一大帮士人不去研究对国计民生有用的学问，不研究切切实实的治国方略，却以讲学为名，口若悬河，摇唇鼓舌，煽动万民，使朝野上下弥漫着一股浮躁而狂妄的气氛。长此以往，怎么得了啊。
不行！一定要想办法治理！一种历史的责任感在他心中升起。
张居正对新入阁的大学士申时行说：“你立刻草拟一道调查统计各地兴办书院的文告，我签署后发往各省、府、州、县。另外，你同国子监商议一下，着力统计私人办学、办书院的情况，把情况核准后报我。”
申时行有些不解，问道：“首辅大人，国家政事由咱们内阁管理，那些私人办的小小书院，充其量不过三、五人，没事时切磋一下学问。咱们管它，是不是有点‘杀鸡用牛刀’？”
张居正对申时行的态度颇不以为然，对他头脑想问题简单、浅薄有点失望，就开导说：“时行啊，你想得太简单了，那些士人整天聚集在一起，真的只是切磋学问吗？不！他们在谈论政治，议论朝政。如果只是想他们在切磋学问，不是太过于天真幼稚了吗？”
申时行久在官场，为人处事圆滑而善于变通。他从张居正的话中，听出了这位首辅大人的不快。自己初入内阁，以遵命、臣服为主。没特殊情况，尽量不去得罪上司。想到此，他谦恭地问：“大人发现他们有什么不轨行为了吗？”
张居正说：“不要小看那些小小的书院。明里在研究学问，暗里直接或间接在非议朝政。普通百姓识字的人少，极易受他们蛊惑和煽动。长期放任自流，就会成为洪水猛兽！况且，一大批士人不去研究治国富民的有用之学，不踏踏实实地去干实事，却在背后对朝政指手划脚、说三道四，今天非议这个，明天诽谤那个，这绝对不是国家之福！自古清谈误国，实干兴邦。国家不需要目空一切，专门发牢骚骂人的学者，只需要扑下身子埋头苦干的实干家！”
申时行听了张居正的话感到很惊异。他没有想到这位士人出身的首辅大人竟对士人、学者们抱有如此大的成见，甚至仇视。
申时行小心谨慎地说：“先生说得极是。怪时行对书院之事重视不够。我这就去安排，一定要将实情调查、统计清楚，然后报首辅大人。至于如何处理，再请首辅大人定夺。“
“如此甚好。”张居正脸上的肌肉这才缓和下 来。