盛夏刚过，大明朝廷主持平定播州杨氏叛乱的战争正在拉开序幕，川贵总督邢玠坐镇四川省城成都府指挥四川兵抵御杨应龙率领的五万播州军渡过大江（长江），重庆知府王士琦与四川总兵刘承嗣驻守重庆府一带指挥一万五千官兵乡勇严守大江防线，四川都司王之翰率一万官兵乡勇镇守泸州一带，四川巡抚谭希思坐镇叙州府（宜宾）指挥四川大军严防播州军渡江。
自从杨应龙率播州军大败四川贵州两省联合出兵四路围攻之后，大明朝廷担心杨应龙与周边土司勾结扩大势力，下令详查各土司与播州杨氏关系，阻止杨应龙扩大势力范围。
石柱土司马斗斛成为大明朝廷的目标，马斗斛次子马千驷与杨应龙次女已定亲，双方联姻与杨应龙风流成性脱不了关系，杨应龙以双方联姻向天下表明自己跟马千驷没有血缘关系，马土司没有被夫人覃氏给绿了。
与马斗斛有生死之仇的龙阳峒土司谭彦相趁机举报马斗斛私自开矿，估计是得到了授意，原本民间开矿朝廷都没有收税，更别说管了，但经过四川官员们努力调查后得出结论：‘察永宁、酉阳皆应龙姻媾’永宁、酉阳土司与播州杨氏世代联姻，分别是杨应龙长子杨朝栋、次子杨可栋岳丈，杨应龙长女杨贞惠许配水东土司宋承恩，次女杨贞瑞许配石柱土司马斗斛次子马千驷，这就注定马土司开矿属于破坏环境严重违法犯罪。
四川按察使火速上报大明朝廷请求御批，大明朝廷给还未开出矿的马土司迅速定罪，罪名是：“石柱土司马斗斛毁山开矿，毁民产业，与朝廷争利，罢免其石柱土司之职，发配辽东口外效力。”
大明朝廷保留石柱土司世袭宣抚使之职，允许其长子马千乘世袭宣抚使职，条件是马千乘在限期三月内缴纳其父马斗斛私自开矿所得白银十万两，否则取消世袭宣抚使职位。
世袭宣抚使可是铁饭碗，马家就是砸锅卖铁也要保住，但大明朝廷是铁了心要拿马土司一家开刀，马千乘叔叔忠州同知马斗良因‘忤逆圣意、诬告上官’被四川按察使衙门定罪，发配流放琼州府。一看就是精心策划安排紧密锣鼓实施。
马千乘拿不出十万两银子被拿到重庆府城下狱，马千乘刚迎娶过门不久的妻子秦良玉也束手无策，马千乘母亲覃氏暗中派人去求老-情人杨应龙帮助，乘人之危的杨应龙决定拉拢覃氏，扶植覃氏和女婿马千驷执掌石柱，从而达到控制石柱，增加与明廷抗衡的实力。
大明朝廷在处理石柱土司一事操作上出了昏招，让杨应龙得以趁势而入，导致整个四川大江以南都逐渐成了播州杨氏势力范围。就连暂管永宁宣抚司的奢崇明也暗中与杨应龙勾结，从已故无子的永宁宣抚使奢崇周生母奢世续手中强行夺取宣抚使印，永宁宣抚司夺印之争结束，奢崇明彻底掌控永宁宣抚司。
四川的局势岌岌可危，加之前任四川巡抚王继光征讨播州兵败失利，损失不轻，四川兵羸弱，只能依靠大江防御。杨应龙率领的播州军都是骑兵步兵为主，没有水师战船，因此一时难以攻破四川水师防守的大江防线。
杨化龙、郭通、宋德懋统率两万五千播州、水东土司中路大军还在继续围攻贵阳城，但由于没有火炮，攻破贵阳城遥遥无期。
杨朝栋、谢朝俸、何汉良率一万五千播州西路军一路向西进攻，接连攻占贵州西部安顺州、镇宁州、安南卫、普安州，收编降俘及投奔之人万余人，加上杨应龙增派的一万援军，兵力达到三万余人。随即攻入兵力空虚的云南，一举攻占曲靖府各州县卫所，直奔云南省城昆明城杀来。
云南大部分兵力都抽调滇西边境与入侵的缅甸大军作战，驻守昆明城的云南巡抚陈用宾忙下令昆明附近各府州县领兵前来守卫昆明城，同时派人星夜兼程赶往云南西部前线请黔国公沐昌祚率军赶来增援。
大明皇帝朱翊钧派到云南的矿使、税监杨荣刚一到云南就开始大干特干强征百姓开矿挖井获得金银宝石孝敬皇帝，最主要是自己发大财，杨荣要求云南文武、土司献地听开采，更是恣意妄为，所干坏事更是在所有矿监税使中出类拔萃，弄得云南一片官民怨恨。
云南大部分兵力都部署在与缅甸交界一带各关口镇守，由老将云南总兵邓子龙、黔国公沐昌祚统率，两人正率大军与再次入侵的缅甸军队作战，接连击败缅甸大军，加之纳黎萱三破缅甸，缅甸东吁王朝遭到大明暹罗南北夹攻，国内早已出现割据分裂。
杨兆龙收留沿大江仓皇西逃到湖广的西班牙远征军陆军指挥官撒施洛、海军指挥官西加斯的加率领的残兵败将后实力大涨，兵力增加到三万余人，控制洞庭湖，攻占岳州府洞庭湖以西州县卫所，率播州军进攻长沙府，遭到湖广巡抚郭惟贤、四川副总兵刘綎、浙江参将杨文、万邦孚等率领的三万余明军赶来将其击败。
杨兆龙率两万余残兵败将逃回常德府，忙派人赶往播州向杨应龙请求增兵迎战不断赶来的大明朝廷大军。大明朝廷组建不久的江防水师五十余艘平底战船由江南总兵朱文达、海防参将吴惟忠统率赶来配合大军作战。
陆启航率领海东东海海军第二编队沿大江西进一路追杀炮轰西加斯的加率领的十六艘西班牙残余舰队，接连击沉俘获八艘西班牙海军战舰，陆启航率东海海军第二编队抵达岳州府城巴陵后但心战舰搁浅没有继续追杀进入水位较浅的洞庭湖。
吴昌率近万白莲教残兵败将从江西瑞州府逃入湖广长沙府境内，原本打算与杨兆龙围攻长沙府城，岂料杨兆龙被随后赶来的两万余明军击败兵败逃回常德府。吴昌率领的白莲教残兵败将遭到随后进入湖广的总兵李如松、董一奎率两万余骑兵大败于浏阳县，吴昌带着近千白莲教残兵向东逃进大围山中。
朱文达、吴惟忠率领刚组建不久的大明水师搭载有从南京江中及苏洲洋海中打捞的西班牙海军舰载加农炮不下三十门及三百余门大将军炮进入洞庭湖，配合大军直奔向常德府杀来。
西加斯的加率领只剩下八艘战舰的西班牙海军舰队及十几艘沿江劫掠的战船退入洞庭湖后与杨兆龙手下的播州军水师组成一支三十余艘的水师编队。
朱文达、吴惟忠率大明水师编队与杨兆龙、西加斯的加率领播州西班牙水师编队在沅水河口洞庭湖一带展开激烈炮战，大明水师凭借着强大火烈击败播州西班牙水师编队，乘胜收复龙阳县，直奔向常德府杀来。
李兆龙见不下六万明朝水陆大军大举来攻，自知难以抵挡，下令将西班牙海军战舰上的火炮尽数搬上播州水军平底战船上沿沅水运走，李兆龙率两万播州军及土司仆从兵撤离常德府，正好与率领三万播州援军赶来的督军总管杨光隣、提督尚守忠、谋士李旭汇合，杨兆龙、杨光隣率五万播州军在辰州府依靠山川险要地形阻止明军进攻。
王自简败退进大别山中龟缩不敢出，躲过大明官兵围攻。赵一平率白莲教众转战山东青州府与沂州府山中称帝一方，凭借着险要地势与进剿的大明官兵周旋作战，正逐渐被南直隶山东明军围困在五莲山一带负隅顽抗。