当午门上朱由检君臣讨论战后事宜的时候，吴然桂正带着关宁军向山海关一线跑路。
跟着他们跑路的除了关宁军的人以外，还有史可法等叛了朝廷的在朝东林官员。
“吴将军此时不应往关宁退！”史可法喘着粗气跑到吴三桂身边劝起了老吴。
“不往关宁撤？难道让本将带着儿郎们在京城等死吗？京城有白杆兵、皇帝建的新军、还来了黄闯子，再等上一会估计在外作战的新军也回来了！京营的那帮货又没一个靠谱的，我关宁儿郎还有活路？史大人、做人得讲良心。你们把我关宁军坑的还不惨吗？”吴三桂睁着圆眼，气急败坏的对着史可法就是一顿呛。
他现在恨死这帮人了，要是没有他们的忽悠。自己怎么可能干这档子蠢事？最坏也不过是像马科他们一样被夺了军权，呆在京城享福而已。现在倒好，自己成了乱臣贼子，此次入京是一点便宜都没沾上，还惹了一屁股的骚，回到关宁后自己都知道该怎么收场。
“吴将军！吾不是劝你在京师苦战！而是说你不该带着兵马回关宁！关宁眼下成了死地！若是京城的兵马杀往关宁该怎么办？外有虏贼，内有新军，将退无可啊？”
“不回关宁？还能去哪儿？”
“吴将军应该带大军南下！最好是入南直隶效忠新君。”史可法眼神灼灼的向吴三桂说出了自己的想法。
“不行！我关宁军诸将的家眷和家业都在宁远，现下若是本将带着他们南下，走不了多少路，大军就会溃散。”
吴三桂断然否定了史可法的提议，虽然他的提议颇有建设性，说的话都是实情。可吴同志做不到啊！家眷就是关宁军的死结，他们不可能连家眷都不顾就撤往南边。
被家眷拖了后腿逼的没有退路的不止是关宁军，京营的那帮叛徒同样因此陷入了绝境。当关宁军往城外跑的时候，朱纯臣等人也想赶紧跑，然而他们没有逃跑的条件，一家老小都在京城，还怎么跑？
就连朱纯臣本人都没有成功跑路，成国公府家大业大，三收拾两收拾，就被赶过来安靖京师的人马在国公府里堵了个正着。
人为财死鸟为食亡，正是因为舍不得家业，朱纯臣才和关宁军、东林党合作着清君侧。现在倒好，君侧没有清成，家业也彻底保不住，成国公这一系勋贵，算是彻底玩玩了。
陈新甲亲自带人押着擒获的朱纯臣到了皇宫，请大明皇帝圣裁处置这个叛徒。
“朱纯臣！你为人草包也就算了，居然行这等叛君、叛国之事。对你朕也无话可说了。本兵、找几个力士将这个祸害押到西苑的京营将士面前，就地斩了！告诉京营的罪兵罪将，京营叛国的首恶已经除了！其他人安心等待圣裁以及接下来的改制和追责。只要他们诚心悔过，配合朝廷的改制，朕会给他们一个改过自新的机会。”
京营有好几万人，一下子全砍了头肯定不行，还是得想办法让他们活下来，当然要想恢复原有的待遇肯定是没这个可能了，他们再也没有谈条件的机会了。
没有走严格的司法程序，堂堂大明成国公，便被朱由检一句话定了生死。
当力士们押着朱纯臣到了西苑罪兵营，当场将这个狗贼的头砍下后。京营的不少将领吓的腿软脚麻昏倒在了营里。
随后宫里和兵部的人过来宣读了皇帝让他们安心悔过，争取宽大处理的口喻。这样的情况下，他们只能感恩戴德，感谢皇帝给他们一个活命的机会。至于以后如何改制，改制后待遇如何，他们真没那个心去细想。
两日后，京城的事态基本控制住了，也就是这时候，刘元斌和马爌也带着人进了京。
是时候正式解决问题了，朱由检将诸将和朝臣召到了大殿内，开始给他们布置接下来的任务。
“刘元斌任总指挥，带领勇卫营新军第一师及其它赶过来入京勤王的新军作战部队、甘肃总兵马爌及部将、黄得功麾下人马，组成东进讨逆兵团，即刻开赴山海关！讨逆兵团首要的作战任务是先将山海关夺下来，夺关之后再定下一步的作战任务。勇卫营总兵黄得功将部将一体交给刘元斌统率，本人留京任中军都督府都督，入军令堂坐镇京师主持即将开始的全军大改制事宜。”
“臣等领命！”
“秦良玉将军带本部人马，入宫警卫宫城！同时任秦良玉将军为京城卫戍指挥使，提督京城卫戍事宜，全权负责京畿卫戍。军令暂时就是这些，诸将和其它重臣回去准备，马爌、黄得功、秦良玉三位将军稍后，朕还有些事要与你们说。”
打发走了其他人后，朱由检对留下的三人说道：“朕准备依照新军的模式，对所有在京的诸军进行大改制，三位总兵这边可能有些瓜葛，朕得给你们解释一二。先说秦将军这边，秦将军这边的人马都是自家的子弟兵，若是依照新军的法子改制，肯定行不通！顾此朕准备，将秦将军的白杆兵全部保留建制，留在宫里作为大内卫戍人马。待遇这方面，则完全安新军的待遇走。白杆兵的家眷责全部从石柱迁到京郊，朕借京营改制的机会给这些精卒的家眷们分些好地，供他们安生立命。”
白杆兵组成成分太特殊，不具备改制条件，朱由检觉得让这些人当直属卫戍部队似乎更合适一些。
“老身谢陛下隆恩！吾石柱兵马但听陛下吩咐。”
“好、秦将军忠贞体国，这份恩情朕铭记在心。咱们接着聊马总兵这边的事，马总兵麾下兵马骁勇善战朕是知道的，朕的意思是等这次东进讨逆战事结束后，你麾下的人马要全数编入新军，接受新军的制式整编，到时候人员肯定得打乱，这点马总兵要理解。马总兵本人，朕觉得入军令堂有些不合适，最好的任职是到新军担任师长，你麾下的一些军将也都是当将官的好苗子，在新军应该不会屈才！当然、在正式入职新军之前，你们得在将校堂学习三月，这三月学习时间可不能浪费！要认真学、好生领会，若是怠慢了，朕答应的军职可未必会兑现。”
马爌这人的能力如何，朱由检到现在为止都不怎么有把握。但他这次带过来的几个手下的年轻将领，却让朱由检眼前一亮，张勇、赵良栋、王进宝，这几个不就是后来满清康熙朝时期的河西四汉将中的人物吗？没想到、此时他们已经在马爌手下效力了！