当运河岸边的工程营乱子刚起的时候，黄明远便已经发现了骚乱的情况。只是此事实在出乎黄明远的意料，这场动乱出现的时间要比黄明远想象的早。毕竟工程营的役夫还远没到山穷水尽的地步，不大可能冒着杀头的危险去作乱。而且现在天子在泗州，平叛的军队也在泗州。
不过事情已经发生了，不管什么原因，容不得黄明远再有什么顾虑，当下最重要的事情便是平叛。
黄明远一边命人前往杨广的龙舟上报叛乱情况，一面命人将他的座驾往岸边靠。此时运河北岸一片混乱，而朝廷的指挥中枢在运河之上，通信不便，势必要移师上岸。
黄明远又令人在座驾之上悬挂帅旗，号令三军。
此时杨广也接到了侍卫的奏报，并派人授权黄明远前往北岸平叛。望着运河北岸工程营处扑天的大火，杨广的眼中止不住的愤怒。这些叛逆存心给他上眼药，要让他不痛快。尔等叛逆让朕不痛快一时，朕便让尔等不痛快一世。
黄明远靠近运河北岸，直奔运河北岸的右领军府。时右领军府主将为黄明远的旧部麦铁杖，其在平杨谅之乱后以功晋右领军府将军。
杨广南下之时，人数众多，还未完工的运河并不能承载这么大的人流，因此杨广以左右领军府在运河北岸，左右领左右府在运河南岸，与天子并行护卫。此时北岸的戍军正是左右领军府。
工程营的役夫虽然叛乱声势很大，但也就是在工程营内闹腾，并没有影响到岸边的军队。
众人眼看工程营闹腾势大，不敢擅专，这才使得叛乱没有在第一时间被平定。
黄明远到达右领军府军营之后，右领军府军营内部也出现了混乱。原来军中忽有谋反者起事骚动，在夜间，惊乱起火，因而全军尽受其扰。
黄明远身边一同宣旨的虞世基以为右领军府协同工程营役夫叛乱，难以信任，因此劝黄明远暂避锋芒。
黄明远眼看北面的叛乱越闹越大，若是右领军府大营一样乱了，光靠左领军府大营根本压制不住。
这些役夫虽然没有全部叛乱，但碍不住对方的裹挟。一旦让对方成势，便是百万役夫同乱，到时候怕是整个泗州都要完了。
黄明远心中清楚，这个时候，绝不能乱。
黄明远对虞世基说道：“虽然不知道右领军府为什么生乱，但这一定不会是全营尽反，若是此时把右领军府兵当做生乱的队伍，则是将其推到了对力面上。我想今日的叛乱必是有组织的预谋，而右领军府的生乱也是潜藏其中的奸人故意生事，想藉此骚动去惑乱众人而已。”
黄明远乃令虞世基将圣旨交给自己，而其前往河南岸的左领左右府调兵，命其前往北岸平叛。
而黄明远带人闯入右领军府军营，直奔帅帐，这时麦铁杖正在调兵平乱。
黄明远接过指挥权，下令军中士兵只要不是谋反者就在原地安坐勿动，黄明远自守立于阵中，又令麦铁杖扛着他的帅旗带领亲兵数十人，清缴军中叛乱。很快麦铁杖便将生乱的士兵一一消灭，并擒获了制造动乱的首领，彻底挫败了谋反。
黄明远顾不上审问，便将这些匪徒全部交给陆贞，令其彻查。
此时运河之中的备身府兵也上了岸。杨广登基之后，重整备身府，缩减为左右二府，分别是由段达、赵才二人指挥，又令亲信独孤盛、司马德戡、宇文成都、裴虔通等人征召数千关中精锐，建立骁果军中军，以为亲兵。
此时左右备身府登岸之后，黄明远下令左右领军府主力分别从东西两个方向包夹乱军，稳定局势。又令段达、赵才二人指挥的左右备身府军为中军，直奔叛军最集中的方向。
黄明远要求众人，第一要务不知歼敌，而是要将叛军和未生乱的役夫全部隔开，防止未生乱的役夫被叛军裹挟。
同时黄明远又命各军将外围未生乱的役夫带到西面二十里的空地安置，然后再对叛军进行清剿。
叛军到底有多少人不好说，但整个运河北岸数十万人，人声鼎沸，火光冲天，只看气势，犹如天地崩裂一般混乱嘈杂。这些叛军似乎也不敢进攻军营，反而不断在工程营中裹挟、制造声势。
这是一场临时准备的叛乱，哪怕有计划有目标，仍然无法改变这群叛军内部组织的混乱。数万人的叛军，相互之间根本不认识，更别说有效的指挥。因此混乱在一开始之后，众人过了最初的同仇敌忾，只剩下内部的狂欢。
而造反者似乎也不在意他们目标的偏离，既然是造反，那就是造反。
整个工程营带给人的感觉是混乱的，是哀嚎和凄惨的。那些手拿各式各样武器的役夫，在杀了压迫他的监工和小吏之后，一下子便从被统治者成为了统治者，因此他们尽情地狂欢，尽情地掠夺和杀戮，享受这种权利带给他们的美好。
等到朝廷的军队从各个方向杀入叛军之中后，他们毫无阻挡，便将面前的叛军全部摧毁。
大隋的禁军，虽然早就蜕化、腐烂，但此时至少还可以欺凌一下叛军。
麦铁杖是个勇将，而段达也是个狠辣之人，因此隋军与叛军交战之后，众人不断往里面突，企图将这些叛军给驱散，形成倒卷的局势。
果然不出二人所料。这些叛军毫无抵抗力，被骑兵驱赶着四散溃逃，整个工程营更加混乱。哪里都是叛军，哪里都是隋军，根本逃不得命。
“投降不杀！”
“投降不杀！”
恐惧的叛军士兵面对屠刀才知道他们做了什么，一个个惊慌失措的抱头跪在地上，请求活命。而段达等人狠辣无比，哪管叛军之人投降不投降，挡在他前进路上的，一律杀死。
大队的骑兵将这些叛军一个个完全分割、摧毁，摧枯拉朽一般平定了这场叛乱。
黄明远又担心平叛大军会大肆屠杀，因此令众人将俘虏全部看管起来，不得随意屠戮。这么多的叛军，大多都是胁从，没几个是真心的，官军的屠刀总不能老是对内。