一、冲龄即位
咸丰十一年（1861年）是中国近代史上一个重要的转折点，这一年发生了影响深远的辛酉政变。咸丰帝在热河避暑山庄病逝后，留下了年仅六岁的儿子载淳即位，这标志着一个幼主时代的开始。为了确保国家政局稳定，咸丰帝临终前任命了以肃顺为首的八位顾命大臣，以辅佐年幼的皇帝处理朝政。然而，这种权力分配并没有得到所有宫廷成员的认可，尤其是慈禧太后。
慈禧太后与东宫慈安太后（咸丰帝的皇后）共同成为皇太后的身份使她们拥有了与顾命大臣相抗衡的潜力。慈禧太后并不满足于仅仅作为象征性的皇太后，她渴望拥有更大的权力。于是，她秘密联系了在北京的恭亲王奕欣，后者是咸丰帝的弟弟，拥有较高的威望和政治影响力。
奕欣在接到慈禧的召唤后，迅速采取行动，先是通过御史董元醇向朝廷提议让两宫太后垂帘听政，并请求恭亲王辅政。这一建议遭到了顾命大臣们的强烈反对，他们认为这违背了清朝的传统和规矩。然而，慈禧和慈安并未就此放弃，而是继续坚持自己的立场，拒绝签署反对垂帘听政的诏书，导致政令无法下达。
与此同时，奕欣积极联络朝中其他重要人物，如大学士贾祯、周祖培，户部尚书沈兆霖，刑部尚书赵光等人，获得了他们的支持。此外，他还争取到了握有兵权的僧格林沁和胜保的支持，这为即将发生的政变奠定了基础。
当两宫太后与幼帝载淳返回北京时，奕欣已经做好了准备。在两宫太后的指示下，奕欣召集了王公大臣，迅速展开行动，将顾命大臣们逮捕并剥夺了他们的权力。随后，肃顺、载垣、端华等主要顾命大臣或被处决，或被迫自杀，或被流放，彻底失去了对朝廷的影响。
二、幼年天子
同治元年至四年间，是清穆宗载淳在慈禧太后的指导下，逐渐适应帝王职责的关键时期。此时，清廷内外交困，面对太平天国和捻军等内部叛乱，以及列强的压力，清政府面临着前所未有的挑战。
同治元年（1862年），载淳虽然年幼，但在慈禧太后的垂帘听政之下，依然积极参与了对太平军的镇压。清廷命令曾国藩、左宗棠等人加强防御，并派遣军队保护上海免受太平军侵扰。随着太平军逼近上海，清政府得到了英法联军的支持，进一步稳固了上海的安全。
与此同时，捻军的威胁也在持续。载淳下令僧格林沁加强南北驻防，以抵御捻军的进攻。随着各地军队的胜利，清廷开始逐步恢复对 失 去 领土的控制。在此期间，清廷还提拔了一批将领，如鲍超和冯子材，以表彰他们在战争中的贡献。
教育对于年幼的皇帝至关重要。因此，按照慈禧太后的指令，载淳开始在弘德殿接受教育，由多位学者如祁寯藻、翁心存等人教授。为了便于皇帝学习历史上的治国经验和方法，编纂了一本名为《治平宝鉴》的书籍。此外，还设立了京师同文馆，旨在培养精通外语的人才，以应对日益复杂的国际关系。
到了同治二年（1863年），随着战事的发展，清军在左宗棠的率领下收复了浙江的多个地区。同时，四川的太平军也被击溃。为了确保载淳的教育质量，慈禧太后特别指派了惠亲王绵愉及其子奕详、奕询作为伴读。帝师在教授过程中享有极高的礼遇，体现了清廷对于教育的重视。
同治三年（1864年）是具有重大意义的一年，因为这一年太平天国被彻底镇压。清廷对在平叛中有功的官员进行了封赏，彰显了朝廷对于忠诚与功绩的认可。
同治四年的教育依旧紧密有序地进行，载淳的课程涵盖了多种技能，包括语言学习、文武双全的训练等。这反映出慈禧太后希望培养出一位既能治理国家又能应对各种挑战的君主。
随着同治四年（1865年）翁心存的去世，其子翁同龢被任命为新任的帝师之一，延续了对载淳的教育指导。
三、内忧外患
同治年间，清朝面临着内外交困的局面。一方面，国内的动乱频发，如太平天国起义、捻军叛乱以及各地的民族起义；另一方面，外部压力不断增大，西方列强的势力深入中国，加之周边国家的不稳定因素，使得清政府的处境异常艰难。
同治四年（1865年），这一年对于清廷来说是充满挑战的一年。二月份，四川酉阳爆发了针对教会的民愤，显示出民间对外国势力的不满情绪。同时，英国汇丰银行在上海开设分行，进一步加深了外国资本对中国金融市场的渗透。更严峻的是，中亚地区的浩罕国阿古柏利用新疆地区回民起义的机会，入侵新疆，威胁到了清廷在西北的统治。
在军事方面，捻军的活动对清政府构成了直接威胁。四月份，捻军在山东击败了由僧格林沁领导的清军，并导致僧格林沁在战斗中丧生。这场失利对清军的士气造成了沉重打击。然而，五月，李鸿章在上海设立的江南制造总局，标志着清廷开始尝试通过引入西方技术来增强军事实力，这是洋务运动的一个重要开端。
同治七年（1868年），清廷派出使团访问欧美国家，这是中国历史上首次官方代表团出访国外，显示了清政府试图与世界接轨的努力。然而，国内形势仍然不容乐观，如八月份御史德泰因奏请修理园林而被撤职，反映出朝廷内部存在不同的声音。
到了同治九年（1870年），清军在国内的战事有所进展，但同时也遭遇了一些挫折。例如，二月份刘松山在金积堡作战时阵亡，清廷随即任命其子刘锦棠接替其职务。这一年，清廷还与俄国就边界问题进行谈判，显示出清廷在处理国际事务上的谨慎态度。
同治十年（1871年），清军在左宗棠等人的领导下取得了显着成果，如攻克金积堡，平息了甘陕回乱。与此同时，清廷也开始关注与日本的关系，派遣官员筹备与日本的通商事宜。然而，五月爆发的天津教案再次暴露了中外矛盾的尖锐性，清廷不得不采取措施平息事态。
四、亲政时期
同治十二年（1873年）是同治帝正式亲政的一年，这一年对于年轻的皇帝来说既是机遇也是挑战。慈禧太后终于在载淳十七岁时为其举行了大婚典礼，结束了对载淳亲政的拖延。在皇后人选的问题上，慈安太后和慈禧太后之间产生了分歧，最终载淳选择了慈安太后推荐的阿鲁特氏为皇后，而慈禧太后推荐的富察氏则成为了慧妃。
亲政初期，载淳面临着一系列亟待解决的问题。首先是在军事方面的胜利，滇军攻克大理，消灭了叛军首领杜文秀等人。对此，载淳给予了适当的奖惩，以此来表彰将士们的功绩。
亲政之时，两宫太后给予了载淳诸多教诲，要求他遵循家法，注重用人和行政，不可荒废学业。同时，他们也要求内外臣工尽忠职守，共同克服困难。载淳在正式亲政后，发布诏书表达了自己遵循慈训的决心，强调敬天法祖、勤政爱民的理念。
随着亲政的到来，同治帝也开始接触更多的国际事务。六月份，日本、俄国、美国等国的大使在紫光阁觐见了载淳，并呈递了国书。这一举动不仅体现了清朝对外交往的开放态度，也表明载淳试图在国际舞台上树立自己的形象。
然而，载淳亲政后不久，就提出了一个备受争议的计划——修建颐和园。这一决定引发了朝臣们的广泛反对。尽管修园的目的被宣称为是为了方便太后颐养，但实际上载淳可能是希望通过此举来摆脱慈禧太后的直接干预。然而，修园所需的资金和材料在当时都是巨大的问题，尤其是在刚刚结束大规模镇压内乱之后，国家财政状况十分紧张。
面对御史沈淮、师傅李鸿藻以及翰林院侍讲学士李文田等人的劝谏，载淳并没有采纳他们的建议，依然坚持修园计划。这也反映了载淳试图在某种程度上独立于慈禧太后的影响之外行事的决心。
到了同治十三年（1874年），尽管有许多反对声，重修圆明园的工程还是正式开工了。
五、早年崩逝
同治十三年（1874年）是同治帝生命中的最后一年，这一年不仅标志着他的短暂统治即将结束，也预示着清朝即将迎来新的变革。
年初，日本借台湾高山族误杀琉球船民之事，出兵台湾，这对清朝的外交和军事构成了新的挑战。尽管当时清朝正处于内忧外患之中，但仍需应对来自外部的压力。三月，日军正式侵入台湾，这一事件凸显了清朝在维护领土主权方面的无力感。
随着慈禧太后的生日临近，五月，朝廷为庆祝她的万寿节，对在京的旗官进行了恩赏，这显示了慈禧太后在朝中的影响力依然强大。而在六月，翁同龢被任命为直弘德殿的职务，意味着他在教育和辅导年轻皇帝方面发挥了重要作用。
到了十一月，清廷规定所有的内外奏牍都要呈报给两宫太后审阅，这进一步巩固了慈禧太后和慈安太后在朝中的权威。同月，慧妃被晋升为皇贵妃，珣嫔被晋升为珣妃，这些人事变动反映了宫内的权力格局变化。
然而，就在同治帝即将迎来自己的二十岁生日之际，命运却对他开了一个残酷的玩笑。十二月甲戌日（1875年1月12日），年仅19岁的同治帝因染上天花不幸去世，这标志着他的统治戛然而止。
同治帝的早逝，对于清朝而言是一个重大的打击。两宫太后迅速行动，召来了醇亲王奕譞的儿子载湉继承大统，成为新的皇帝。同时，赐予奕譞亲王世袭罔替的荣誉，并免除其在朝会上的行礼义务。随后，载湉被迎入皇宫，与慈安太后居住在钟粹宫，慈禧太后则居住在长春宫，两宫太后再度开始了垂帘听政。
为了表示对同治帝的哀悼，朝廷下令停止了三海工程，并宣布次年为光绪元年。同治帝被追封为“继天开运受中居正保大定功圣智诚孝信敏恭宽毅皇帝”，庙号穆宗。其皇后阿鲁特氏被追封为嘉顺皇后，而皇贵妃则被封为敦宜皇贵妃。