翌日兵部衙门的牌匾便被摘掉，改为大明帝国皇家武装力量最高统帅部和大明帝国皇家武装力量总参谋部的牌子。
除去召开最高统帅部会议时以外，其余时间只有总参谋部和各部联络官在此办公，
前军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总政治部，
中军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总后勤部，
后军都督府被改为了大明帝国皇家武装力量总装备部，
左军都督府被改为大明帝国皇家武装力量国防部，
右军都督府改为陆军部，
将府右街的原西厂衙门改为海军部，
锦衣卫都指挥使司衙门改为帝国军事情报部，
东厂衙门被改为帝国内政部。
趁着各部改组的时候，朱天明和崇祯商议了进一步的军制改革及下一步对江南士绅商贾摊牌的准备工作。
按照朱天明的提议，崇祯下旨以皇家禁卫军卫戍京城的名义，派遣皇家禁卫军第三师师长张虎臣率领全师接管南京防务，
并派遣朱嘉赫前往南京坐镇，为可能发生的意外情况做好准备。
各部衙门改组整顿和搬迁工作全部结束后，朱天明在总参谋部召开了一次会议，
会议上着重讨论了全国军队军改问题，和海军建设问题。最终经过反复商讨，确定了具体方案：
北直隶已完成军改，原辖区内所有军队被整编成了两个军，暨隶属于帝国国防军体系的皇家陆军第一军和第二军，共计作战兵力20万。
朱天明任命李炬为第一军军长，朱元锡为第二军军长，并从皇家军事学院毕业的军官中挑选了一批，随同李、朱二人一起前往接管两个军。
之后，朱天明让李炬及朱元锡从北直隶军队中选拔军事技能、政治思想全面过硬的标兵组成一个教导团，
并由皇家军事学院的学员及教师中选拔出一个军官营，统一交由李洋指挥，前往南直隶进行军队整编。
将南直隶所有兵马进行筛检，最终整编为皇家陆军第三军。
此次会上还确定了海军建设计划，共设立七大舰队及一个海军陆战队司令部。
其中四大本土舰队设置如下：
大明帝国皇家海军本土第一舰队司令部设于山东莱州府，将青岛口以及周边鳌山卫、灵山卫等区域合并设立青岛县，并于青岛县开始建设第一舰队司令部及舰队基地。
本土第一舰队防卫区域北至归明省，南至南直隶。
大明帝国皇家海军本土第二舰队司令部设于浙江明州。
其防区北至南直隶，南至闽浙交界。
大明帝国皇家海军本土第三舰队司令部设于福建泉州。
其防区北至闽浙交接，南至闽粤交接，
大明帝国皇家海军本土第四舰队司令部设于广东湛江。
其防区东至闽粤交界，西至防城一带。
除本土四大舰队以外，另设三大公海舰队。
公海第一舰队司令部设于归明釜山。
公海第二舰队司令部设于台湾基隆。
公海第三舰队司令部设于琼州崖城。
海军陆战队司令部及训练基地设于山东登州。
由于配合后期军事行动的需要，考虑到军港建设情况、补给、作战等多方面的因素，海军部决定将公海第一舰队所有蒸汽风帆舰船暂时留在天津港。
为加快海军建设，会议上还做出决定，在山东莱州、浙江滃洲、广东凤埔、福建马尾同时开建新式造船厂，并继续扩建原有造船厂。
同时，与兵工集团商定，在辽东、南直隶建立更多的兵工厂，以满足军改后，新式军队的武器换装及新建造船厂的武备需求。
并加大半自动步枪的产量，以确保海军陆战队的火力需求。
会议结束后，朱天明又单独召开了海军部会议。
商量现有舰船改造问题，但由于大部分原水师舰船结构强度不够，无法加装重型火炮，甚至无法承受火炮射击时的后坐力。
于是决定，将原水师舰船中船况较好的大福船、楼船、艨艟、斗舰共计135艘进行结构强化改造，
船上加装少量海军型75毫米速射炮或是35毫米机关炮，分配给7大舰队作为过渡舰船。
并根据沿海地形，规划了虎门要塞、塘沽要塞、吴淞要塞、江阴要塞、烟台要塞、舟山要塞等十数处海防要塞及三十余座海防炮台，初步构成大明的系统化陆基海防要塞网络。
在忙完统帅部的工作后，朱天明抽空到宁园见了魏忠贤，向他询问了葡萄牙的国内情况以及佩纳菲尔的准备进度。
魏忠贤汇报道：“这三年佩纳菲尔在咱们的援助下，已经秘密组建了一支人的军队。
咱们派遣的顾问团团长回报，这支军队已经有了相当的战斗力，预计一旦开战，可以在很短时间内，击败葡萄牙境内的全部西班牙驻军和布拉干萨公爵的军队。
唯一值得担心的是西班牙军队，尤其是他们的海军会介入战争，据称西班牙帝国拥有一支号称“无敌舰队”的，欧洲最强海军。
由于佩纳菲尔的军队没有重火力，一旦西班牙大军压境，甚至是出动海军封锁或攻击沿海城市，佩纳菲尔的军队很难有效抵抗。
所以佩纳菲尔伯爵一直没有轻举妄动，在等着您的下一步安排。”
朱天明道：“很好，可以再给他运送一批武器弹药过去，让他继续扩军，最快明年，最迟后年，咱大明的海军舰队就能前往驰援他。到时他就可以发动复国之战了。”
临走前，念在魏忠贤近些年表现良好，兢兢业业，朱天明赏了他白银一千两作为奖励。还送给了张张一串缴获自汉城王宫中的东珠项链。