战争造成平民死伤的原因有很多，其中，最为主要的一种就是人们所熟知的——屠城，而其中又以清初的屠城事件最为着名。
公元1645年5月(南明弘光元年四月)，豫亲王多铎指挥的清军主力，围困南明督师史可法所守卫的扬州城。四月十五日，清军围困扬州。史可法正在扬州督师，固守孤城，急命各镇赴援，但各镇抗令拒不发兵。清军趁机诱降，史可法严词拒绝。清军主帅、豫王多铎先后五次致书，史可法都不回应。二十四日，多铎命令清军不惜代价攻取扬州城的西北角。清军在进攻的鼓声和炮声中蜂拥而上，每当一名清兵倒在箭下，另一个便补了上来。很快，尸体越堆越高，一些清兵甚至不需要梯子就能爬上城墙。清军攻城后，史可法率军民浴血而战，但是随着清兵越上越多，守城的南明将士也开始慌乱起来。纷纷跳下城墙逃跑，这些人有的被摔死在城墙下，有的则在之后的巷战之中，死于乱军之中。经过七天七夜的激战，扬州城被清军攻陷，军民逐巷奋战，大部分壮烈牺牲。史可法自杀未遂，被清军俘虏，多铎劝他归降，史可法说:“我堂堂男儿，安肯苟活!城存我存，城亡我亡!我头可断而志不可屈!”遂英勇就义。
扬州的城防崩溃后，扬州城居民只有听天由命了。尽管当时大雨倾盆，但是一些居民忙着烧香，期望能通过这种主动的讨好，保住性命。与此同时他们开始大量地隐藏金银财宝。但是，这座古老的扬州城在腥风血雨中陷落之后，再次面临更大的劫难。城陷不久，清军统帅多铎便以不听招降为名，下令屠城。一时间几世繁华的烟花古巷变成了血流成河的屠宰场。
一满兵提刀在前引导，一满兵横槊在后驱逐，一满兵居中在队伍的左右看管以防逃逸。三满兵驱赶数十人如驱如犬羊，走路稍有有慢的，就开始打，或立即杀掉。妇女们还被用长绳索系在脖子上，女人们由于小脚难行，不断跌倒，遍身泥土，一步一蹶。此时街上但见满地都是被弃的婴儿，或遭马蹄践踏，或被人足所踩，肝脑涂地，路过一沟一池，只见里面堆尸贮积，手足相枕，血流入水中，化为五颜六色，池塘都被尸体填平了……街中尸体横陈，互相枕藉，天色昏暗无法分辨死者是谁。在尸体堆中俯身呼叫，漠漠无人声应答。
到5月25日，即滥杀和抢劫的第6天，这场大屠杀方才结束。清军接到豫亲王的命令，就此封刀。和尚们得到命令开始收集和焚烧尸体。到5月27日，开始赈济口粮。根据焚尸簿的记载，在这次大屠杀中死难的人共有80余万人，其中还不包括落井投河，闭户自焚及在偏僻处自缢的人。
惨绝人寰的屠城使得几世繁华的扬州城在瞬间化作废墟之地，江南名镇一夜之间成了人间地狱，后人称之为“扬州十日”。
提到“嘉定三屠”，还需从“剃发令”说起。对于让汉人剃头从满制，清王朝本是相当谨慎的。弘光朝投降，豫亲王多铎进入南京之后，曾有这样的公告:
剃头一事，本朝相沿成俗。今大兵所到，剃武不剃文，剃兵不剃民，尔等毋得不道法度，自行剃之。前有无耻官先剃求见，本国已经唾骂。特示。
剃发对当时的汉人而言，心理上是难以承受的。“身体发肤受之父母，不可损伤”，这是千年以来形成的伦理观，也是一种根深蒂固的思维方式。剃发不仅有违传统，也被视为一种侮辱。因此这项政策不仅遭到了传统知识分子的抵制，也激怒了下层民众。于是，本已逐渐平静的江南又骚动起来了。乙酉年六月二十四日，各地相继骚乱，地方官和民众纷纷揭竿而起，嘉定总兵官吴志葵响应，逐走清政府派来的县令，占据了城市。当时，李成栋正在追剿占据崇明的明军残余势力，闻讯从吴淞回兵镇压，嘉定第一屠开始。
七月初一，两军会战，当地的“乡军”虽集合了十几万人，但都是平民百姓，熙熙攘攘，拥挤堵塞，属乌合之众，毫无纪律，更谈不到组织和战斗力了，李成栋虽只有不足五千兵力，但均为装备精良、训练有素的精兵。一开战，李成栋以骑兵冲击，乡兵即四散奔走，自相践踏，被打得落花流水，大败而回。李成栋以大炮攻城，“终夜震撼，地裂天崩。老百姓哪见过这个架势”。初四嘉定城破，李成栋下令屠城，放部下大肆劫掠屠戮，大屠杀持续了一日，约三万人遇害，“自西关至葛隆镇，浮尸满河，舟行无下篙处”。
第二次屠城也未能削弱民众的反抗意志，抵抗的余波还在继续。八月二十六日，原南明总兵绿营把总吴之藩造反，此人本是吴淞守军将领冯献猷部下，随冯投降了李成栋。吴之藩率余部反攻嘉定城。城内清兵猝不及防。城内民众纷纷奔至吴军前，“踊跃听命”。然而，吴军乃乌合之众。清兵反扑之时，“一时溃散”。清兵拥入城内，李成栋恼怒，嘉定也再遭浩劫，城内外又有两万多人被杀，这是嘉定第三屠。
自闰六月初嘉定人民自发起义抗清，两个月内，大小战斗十余次，民众牺牲两万余，史称“嘉定三屠”。三次屠杀，死者无数，繁华都市，化为废墟。
还有一个反抗特别激烈的地方就是徽州，当地富商纷纷捐金正银，给起义军凭借着山西险要，让清军是东奔西跑应接不暇。江西各地也纷纷造反投靠朱明政权，拥立朱明王朝的后裔，清军没想到一个削发令能让江南地区人们反抗的如此激烈，于是急忙派遣招抚大臣洪承畴内部大学士兵部尚书兼都察院右副都御史，总督江南七省军务，抵达江南。
洪承畴到了江宁之后开始部署军队，针对江南防御体系的弱点进行了针对性的布防，前后数次挡住了大顺政权和南明政权的进攻。消耗了敌人的有生力量。