洪武二十六年，在朱权和朱棣俩人回到封地没多久，应天府就掀开了一轮新的风暴，锦衣卫指挥蒋瓛告发蓝玉谋反，下狱鞫讯后，狱词称同景川侯曹震、鹤寿侯张翼、舳舻侯朱寿、定远侯王弼、东筦伯何荣及吏部尚书詹徽、户部侍郎傅友文等谋反，拟乘朱元璋藉田时发动叛乱，史称洪武大案之一。
一时之间，各地人人自危，这一次没人再为他们求情，也没人能管的了这位年迈皇帝的屠刀，根据老朱发放的诏书，蓝玉至少犯了三大罪：第一，骄横跋扈，不仅炮轰喜峰关，而且还和元妃有染。第二，目无法纪，蓝玉的义子多达几百人，蓝玉的家人不仅侵占民田，滥杀无辜，而且蓝玉还屡放厥词，认为朱元璋给他的封赏太低了。第三，意图谋反，锦衣卫指挥蒋瓛找到了蓝玉谋反的证据。
这场洪武大案如同一股汹涌的风暴，席卷了整个大明王朝。各地官员和百姓人人自危，生怕被牵连其中。而在应天府，朱元璋的怒火仍在熊熊燃烧。
朱元璋下令对蓝玉及其同党进行严厉的审讯和惩处。一时间，刑场之上血流成河，那些曾经显赫一时的人物如今都沦为了刀下亡魂。他们的家族也遭受了灭顶之灾，财产被没收，家人被流放或处死。
朱棣在燕地得知这一消息后，心中更加警惕，他明白朱元璋此举不仅是为了铲除蓝玉等潜在的威胁，也是在为朱允炆做准备，谋反不谋反的谁都知道，但是没人敢提，只因为蓝玉是常氏一脉，朱元璋不会给朱允炆留下这个炸弹。
随着时间的推移，这场洪武大案的影响逐渐扩散开来，朝廷中的势力格局发生了重大变化，以蓝玉为首的军中悍将一脉彻底被清算，该抓的抓，该杀的杀，流放的流放，最终，这场洪武大案以蓝玉为首，族诛一公、十三侯、二伯，牵连被杀一万五千多人，“元功宿将，相继尽矣。”谋逆之罪一般都是碎剐凌迟处死，念及蓝玉与自己是儿女亲家，朱元璋心一软，宽大处理：碎剐改成剥皮。这样，刽子手把蓝大将军全须全尾整张人皮剥下来，算是留了全尸，并把人皮送往他女儿蜀王妃处“留念”。
洪武大案的风暴过后，大明王朝看似恢复了平静，实则暗流涌动,老朱还没有放下屠刀，别说官员了，朱棣都生怕牵连到他，毕竟她的燕王妃也是身份特殊，各地官员，上至藩王，人人自危，但是这也为朱允炆登基打下了基础，所有人都明白了，老朱是铁了心传为于朱允炆，老朱年事已高，所以这一次的屠刀来的猛烈，突然，也意在为朱允炆准备登基后的班底。
朱权在此事之后直接准备当作一个小透明，毕竟老朱的洪武朝太危险了，朱允炆也只是敢削藩，老朱是直接把他们贬为庶人，还不敢吭气，这就是开国皇帝的威望。
洪武二十八年，归顺明朝的海西女真酋长西阳哈反叛，朱元璋命燕王朱棣发北平二都指挥使司并辽东都指挥使司属卫精锐骑兵七千、步兵一万，命都指挥使周兴为总兵官，同右军都督佥事宋晟、刘真往三万卫等处平叛，俘女真镇抚管三以及男女六百五十余人，马四百余匹，而西阳哈则远遁至松花江以外，明军未能捕获，朱权没有命令，未动一兵一卒，整个大宁卫就是充斥着训练。
春去秋来，洪武三十一年，老朱的身体已经支撑不住处理整个大明帝国的奏章，皇太孙朱允炆监国，朱权经过几年的发展，也是终于把大宁卫全员准备好了鱼鳞甲，整整四万具，此时的朱权也不知道在想什么，皇帝他不想当，但是建文朝马上就来了，他必须做好准备，要是建文不削藩，或者不搭理朱权，朱权也不介意为他做一个护北将军，毕竟那个男儿没有一个纵马驰骋的梦想。
老朱的身体每况愈下，应天府的宫殿中弥漫着沉重的气息，朱元璋躺在病榻之上，面色苍白，眼神却依旧透着威严。他心中牵挂着大明的江山社稷，尤其是皇太孙朱允炆能否顺利继位。
朝中大臣们轮流前来探视，个个神色凝重，朱棣在燕地听闻朱元璋病重的消息，心中思绪万千。他一方面担忧着他父皇的安危，朱权在大宁，同样心情复杂，他看着自己精心准备的大宁卫和那四万具鱼鳞甲，不知未来该何去何从。
随着日子一天天过去，朱元璋的病情愈发严重，终于，在一个寂静的夜晚，朱元璋缓缓闭上了眼睛，明朝开国皇帝，一代雄主朱元璋驾崩，中年丧妻，老年丧子，这位洪武大帝也是落下了帷幕，消息传出，整个大明王朝陷入了巨大的悲痛之中，应天府哭声震天，百姓们也纷纷为这位开国皇帝默哀。
皇太孙朱允炆正式监国，他身着孝服，面容悲痛而坚毅。他知道，自己肩负着重大的责任，必须尽快稳定局势。各地藩王也纷纷收到消息，朱棣心中感慨万千，他明白，老皇帝的离去意味着一个时代的结束，而新的挑战即将来临。
朱权在大宁，陷入了沉思，他知道建文朝即将到来，自己必须做出抉择。如果建文皇帝不削藩，或者不搭理他，他或许真的可以做一个护北将军，实现自己纵马驰骋的梦想，但他也清楚，一朝天子一朝臣的道理，未来充满了不确定性。
朱允炆担心各地藩王，于是听从他老师黄子澄的建议下令各地藩王禁止入京吊唁，并且迅速将朱元璋下葬，仅仅用了七天，像是在大宁的朱权也许刚收到朝廷发的信息，朱元璋就已经下葬了，太过于潦草，可能老朱到最后也没想明白，朱允炆为何会干出这么一件蠢事。
朱允炆这一仓促下葬朱元璋的举动，在大明王朝引起了轩然大波，各地藩王收到禁止入京吊唁的诏令后，心中愤懑不已，他们本就对朱允炆继位心存疑虑，如今这一举动更是让他们觉得朱允炆行事草率，且对他们缺乏尊重。