杨应龙虽然死了，但身后事却未了尽。
未了尽，只因是生前结下的种种因果，但终究还是杨应龙太过天真，不了解这个权、利世界的生存法则。
一个安逸了八百年的家族，有什么理由‘造反’？无外乎想报复名义上归他播州管辖，但实际上早已不受控制的五司七姓。
但朝廷才不管什么他与五司七姓之仇，只会认为他是造反，既已选择了造反，又何必再心存侥幸？要是当初在拿下綦江后，听从军师孙时泰之言，进而攻重庆，再克成都……容易吗？四川那时的驻军才区区一万左右而已。
克成都，把蜀王掳为人质，割据一方，然后静待天下风云之变……又何尝不是一位乱世枭雄？而不是儿戏一般的去立什么新的播州界碑，以证明他不是造反。丧失最后那点战略机遇。
此时，恐怕最该感谢他的人就是李化龙，若那时他真听取了孙时泰之言，则必为大患。
一将功成万骨枯，以夷制夷之策，取得巨大成功，播州大患即除，李化龙是大大松了一口气。
随后，李化龙拿杨应龙之‘败家身亡’来警告各大土司，将发给各参战土司的炊用铜锅尽数收回，改铸鼎器，上刻铭文——惟星拱北，惟水朝东。惟天王御极，八方会同。惟西南夷，各世其封。惟敬天法祖，庶以不坠阙宗。顺天者吉，逆天者凶。以为不信，视杨应龙。
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五月二十四，沈一贯就收到李化龙的信札，内言：腹心尽溃，父子相疑。四面攻之，不自焚即当为人所执，不能逃矣……
沈一贯截取数言奏报与朱翊钧，以宽君心。另外又言川贵之地本为穷敝之地，又经战火，更为疲敝，应着意安抚，且要破格赏赐官兵。
但同时也上疏奏请朱翊钧下令搜捕杨应龙贿赂过的朝臣、地方官员。
至六月，播州事定，朱翊钧又传谕沈一贯，“逆贼杨应龙已就天落，此实仰赖天地洪庥，祖宗估助，大小文武将士溽暑之时，成此大功，朕心嘉悦，其赦宥无辜，抚安地方事宜，卿可传示该部议拟其奏。”
随后，他便将此谕传示诸臣。李化龙因惦记着丁忧，又跟着上疏言播州善后事宜十二条，待善后事了便能回家守制。御史李时华也建言：选留大帅、更置郡县、清理疆界、优恤驿站、修筑城池、府官移镇、议归楚地。兵部则结合了这些意见，亦上了善后条议：宥无辜、禁豪强、夷险隘、明功罪等事。
其中最重要的还是点用新的川贵总督，虽然播事结束，西南形势并不容乐观。朝臣举荐京营尚书王世扬接任总督一职，又按惯例以郭子章陪推。
沈一贯却认为，杨应龙死，而土司水西安氏气势正炽，郭子章不宜轻调，遂奏请点用王世杨为总督。
不过朱翊钧的考虑却是管辖京营亦是重任，王世扬虽然堪用，但不宜调动，郭子章继续任贵州巡抚。另外，他又命沈一贯传谕兵部，会推两名忠实才望的官员，以滋选用。
很快，吏部便会同九卿科道推选，以陕西巡抚贾待问、宣府巡抚王象乾为人选，奏请点用。
只是这一次，朱翊钧却迟迟没有批复。
久未得到回复，又告病在家的沈一贯内心忧虑，不得不上揭贴催促，彼处日夜望新督臣早至，情甚急也。伏祈即赐点用，令兵部马上传发，刻期到任，以图善后长策，纾西顾之忧。
沈一贯之所以要尽快选出川贵总督，还是出自对西南局势的担忧。播州与周边土司、州县犬牙交错，战争过后，重新勘定地界已经摆在明面，而且兵部已在商议将其改土归流。
自战争之后，播土旧民仅存者十之一二，又存在大量的无主田，四川巡按早就致信沈一贯谈及此地情形：播州素称沃野，人人垂涎。当下鼎革之时，原有地土者思欲夺占，原无地土者亦思妄认，四方流民充斥其间，皆来占籍。而各土司指以杨应龙侵夺为名，纷纷告争边界……
这恰是他的担忧，所以再三奏请：任此以往，到时川贵定是漫无统纪，至相争杀，黔既不敢问，蜀又不复言，还望早日选任川贵总督，前往播州勘定边界。
无论沈一贯怎么催促，但朱翊钧对于处理国事依然散漫而不积极。
而军饷的开支，李化龙另外提交朝廷一份销算军饷疏，对四川布政司的军饷筹措、开销、结余做了详细说明。贵州巡抚郭子章同样提交了贵州布政司在此役中的筹措、开销、结余等。
疏中记录，四川布政司自万历二十七年六月起，到万历二十八年九月止，綦江、南川、合江、永宁四路与所属府卫州县总计发户兵二部，并本省、外省、蜀府义助、及派征未完地亩、夫价等银，共二百四十七万五千八百零六两。
其中由户部咨解的太仓银七万余两；兵部咨解太仆寺银四万两；凤阳李三才咨解银八万五千两；湖广抚臣支可大咨解漕折银三万两；四川按臣崔景荣解脏罚款三万五千两；四川布政司库银十三万六千余两；川东道银六十四万二千余两；川南道银五十二万六千余两；川西道银二千两；贵州以福建协计解补银十万两；各府州县解银四十二万余两；四川各州县加派地亩赋税银十二万三千余两；四川加派运夫工食银二十五七千余两；铜钱合计2886两。
属于户部银的有两项，共计十万两；属于兵部银的同为两项，共计十二万五千两。其余皆是四川地方筹措银两。
郭子章疏中提到，贵州布政司实际筹措到各省直解贵州兵饷及木价借充兵饷，并旧镇云南沐昌祚捐助等银，通共一百零四万八千六百三十六两。此外贵州还从户部题留湖广本色漕粮中实际获得八万九千余石漕米，按时价每石银七钱换算合白银六万二千四百余两。
其中，兵部解到太仆寺银六万两；南京户部解到饷银十万两；督臣李化龙解到饷银十二万二千余两；云南抚臣解到饷银十万四千两；黔国公解到报效银二千两；两广督臣解到饷银三十八万两；湖广支可大解到五万余两；河南抚臣曾如春解到饷银九万两；福建抚臣金学增解到饷银十万两；木价借充饷银三万两；应天抚臣陈惟芝解到木价借充银二千两；户部题留湖广漕粮本色折银六万余两。
贵州解银里，属户部者九项，计银84万5千两；属兵部者一项，计银六万两；属贵州地方者三项，计银20万6千两。
原本朝廷下诏加派四川、湖广两地地亩银，湖广拟加派二十六万两，只是这一笔湖广并未协济出去，而是留在了本省使用。
即便四川加派的地亩银，李化龙亦是让四川从中自得七万两，以五万两协济贵州，只是最后并未协济贵州，而全部留在本省。
湖广所题留的漕粮正、耗米共计三十六万石，为三省均分，以充平播粮饷。每省该九万余石，改折漕粮并三六耗席、楞木各该一万五千余两。后来本该解往四川的本色漕粮因故亦以同样的价格改解折色银，连同楞木等银共计八万余两，但楚抚支可大只解运了漕折银三万两给四川。
贵州得到均分漕粮以每石折银七钱算，合银六万余两，及支可大差官解到军饷并愣木银五万余两。按户部题留三省均分，每省得银八万计，湖广实际分得九万六千余两，再加上筹措的其他经费，实际湖广筹得共计九十万两。
由此也得到，朝廷为平定播州之乱，实际筹措的军饷总额达449万余两，其中地方筹措就达286万两，源自户部的经费有144万两，而来自兵部的经费只有18万余两。
自攻克海龙囤之日算起，离綦江失陷不到一年，离李化龙兵分八路誓师会剿之日不足四月。这段时间内，李化龙是严督经管司道等官，事事筹算，时时稽核，正支之外，绝无别项浮费。至战事结束，这449万两经费并未全部用完。
三省的军费开支都是本省的巡抚负责，四川是李化龙，贵州是郭子章，湖广则是支可大。李化龙在上疏朝廷的《销算军饷疏》中明计，四川实际军饷开支为138余万两，剩余108余万两。
郭子章在上奏的《播平奏报军饷疏》中记录，贵州的实际军费开支为63万8千余两，剩余47余万两未使用。
湖广在此役中实际使用军费约为50万两，剩余42万两。三省合计共用军费为252万两，仅占筹措军费的不到六成。
播役结束之后，三省尚余198万两，这笔余款大多用在了营建、蠲免、赈济等善后事上，以及征叫胡广皮林苗人，另有部分缴还给了户部。
四川则动用余款43万两抵扣了今年蠲免之数，另又解发三万两协济胡广征剿皮林。播州营建城池等支销43万9千两有奇。
贵州则在余款中动支20万两解赴户部交纳，又支银一万两赈济被贼残害的军民，协剿皮林陆续支出三万八千两，剩余银16万8千，用于了新府州县的经理建置善后。
湖广剩余军费，处用于征剿皮林叛苗外，还用在了蠲免当年的部分田赋。
若将善后费用一并计算在播州之役的总军费开支当中，那么此役的军费开支已达362万余两白银。