日本欲侵略台湾，并且早已开始了秘密准备。直到前期铺垫基本就绪，才正式发布命令，组建侵略部队。
到了这个时候，此前一直持默许态度，甚至拱火怂恿的西方列强，却突然有了转变。
他们担心日本挑起的战端，会影响到自己在台湾的既得利益。于是英国等国，纷纷宣布局外中立，并且禁止本国商人对日本提供帮助。
就连美国也随之跟从，在政府层面宣布中立。
这样一来，倒让日本政府懵了圈。
他们一时间，弄不懂列强到底是如何想法，又没有底气敢于得罪。摇摆不定之下，便下令暂时延缓出征。
消息传到长崎港，领军待发的西乡从道，却不愿就此停止侵略行动。
他们以手下士卒“士气强盛，其势难止”为名，率领三千六百余名日军，准备强行出动。
为此，他们在李仙得的协助下，购买了英国商船“高砂丸”，作为旗舰。还私自调动“日进”号和“孟春”号两艘军舰，以及商船“明光丸”、“有功丸”和“三邦丸”。
西乡从道的行为，被称作“西乡大暴走”，也首开了日本军方独走的先河。
见到木已成舟，气愤与无奈之余，日本政府也没什么更好的办法。随后，只得对西乡的行动予以追认。
日军出发后，于三月中旬到达厦门。在向当地政府发出征讨声明后，便启程杀奔台湾。
沈葆桢虽然早知日军要来，但没想到来得这么快。仓促之下，竟然防备不及。
日军一路无阻，到达目的地，台湾岛琅峤射寮湾。
尽管失措，但在此之前，沈葆桢多少还是作了一些预备。其中之一，便是安排船政水师的“福星”号炮舰，在琅峤附近的海面进行巡弋。
但“福星”号仅是一艘500吨级的小舰，在日军船队面前，势单力孤。又没有上峰准许开炮的指令，只能在远处监视，由得日军从容登陆。
在日军登岸地点的附近，也是有清军在陆上驻防的。
但这些清军本是旧式，战力堪忧，又没有国土观念。他们见到日军来此，根本没有阻止。任其大摇大摆上岸，安营扎寨，开展后续行动。
此后，在近一个月的时间里，日军对当地排湾族原住民，烧杀抢掠，进行了超越限度的“报复”行动。
排湾族各社，对侵略者进行了顽强的抵抗。但实力相差实在悬殊。在付出了惨痛的代价后，各社最终被迫相继归伏。
随后，日军在登陆处附近建立“台湾都督府”，同时修桥、筑路、建立设施。企图长期霸占，建立殖民地。
清廷这边，虽然早已得到陈济方的预警，但却反应迟钝。总理衙门先是向日本发出照会，诘问其侵台行为，并要求其尽快撤军。
如此与虎谋皮，自然无果。清廷这才想起布置防御，但已慢了一拍。当圣旨传到福州时，日军已然在登陆之中。
清廷传下旨意，命沈葆桢为钦差大臣，总理台湾防务，并兼任总理衙门大臣。
同时也授陈济方为钦差，令其襄办海防，亦兼总署之职。
终于得到了朝廷的明确指示，沈葆桢也是松了一口气。他一面抓紧部署，调度军力，准备赴台。一面与陈济方频繁发报，商讨对策。
到了这时，所有的盖布都已掀开，陈济方也就不再客气。他随即正式抛出了，他的应对方案。并请沈葆桢与他一起，联袂上奏。
陈济方的方案是：封锁台湾，困贼莫归；诘问琉球，震慑东瀛；照会列国，声讨不义。
他同时还提出，应该立即停止与日本的一切交涉。直到日本服输，自行前来求和，再视其情形，另作议论。
并且还要对美国进行外交施压，迫使其撤回参与日军行动的人员和船只。
沈葆桢对陈济方的方案，大部分表示赞同。但对其中“困贼莫归”和“不与日本交涉”两项，感到有些为难。
“困贼莫归”，就是要围困住侵台日军，不让他们跑了，还要将其控制住，作为将来谈判的筹码。
沈葆桢担心，自己手中的战力不足，恐无法完成这项任务。他更怕日军被围后，狗急跳墙，最后难以收拾。
而与日本交涉一项。他认为还是应该主动尝试外交努力，如能让日本主动撤军，得以息事宁人，不是更好么。
陈济方为了说服他，反复发报，苦口婆心。还承诺，必要时可派商团协助。又恰逢期间，李鸿章也表示愿意派出淮军，助沈葆桢守台。
这才让沈葆桢的底气壮了许多，全部接受了陈济方的方案。
当朝廷收到陈、沈二人的联署的奏折后，也是犹豫再三，最后才勉强批复“依议”。
有了清廷的许可，陈济方也终于可以放开手脚。
他联络北洋大臣李鸿章，同他一并，从各自渠道向列国发出照会，声讨日本的不义恶行。
特别是对美国提出的外交抗议，促使了美国政府电令驻日公使，严禁美人美船参与事件其中。
在做足了外交准备之后，陈济方就将正式派出舰队，开启“诘问琉球”。
而这时，沈葆桢又发来了求援的电报。
这个沈大人，总是觉得自己的力量太弱，并且忧心忡忡。现在陆上有支援，已让他有所安心。但对海上的情况，却还是没底。
原因是船政水师，虽然舰船不少，但由于以前提到过的设计问题，真正可用于作战的舰只相对较少。
并且在前两年，朝廷将船政的一些舰船，调拨给了北洋。这更降低了船政水师的战力。
虽说当前，船政水师足以压制前来台湾的日军舰队。但日本国内水师实力如何，沈葆桢却并不清楚。
在此情况下，若日本水师倾力来台怎么办？为了稳妥起见，他这才向陈济方提出要求，希望商团水师营也能派出部分舰只，来台海增援。
回复他的，又是陈济方的一番分析和劝慰。
陈济方告诉他，日本的海上实力不过尔尔，大可以放心。
另外，日本也不可能再派舰队来台湾的。因为只要水师营的舰队一到琉球，他们就不敢再离开日本了。
如此你来我往，水师营前出牵制，船政水师便可以安心的控制台海。