至此，大明王朝封疆残破——万历一朝，实际上已经敲响了明代必然灭亡的丧钟。
万历42年(1 6 l 4年)叶向高致仕回家之后，方从哲任内阁首辅。他本是个庸庸碌碌、软弱无能、毫无政绩的官吏，对皇上和邪派官吏毫无制约作用。
当时万历的身体已日渐不济。最初不肯出来朝见大臣的原因是，忙于吃喝玩乐，与后宫嫔妃腻在一起，沉浸于温柔之乡。后来，不但不去朝见大臣，就连章奏也很少去看。即使草草看完章奏，不加批示，亲手甩在废纸篓里“留中”。现在更省事了，所有大臣章奏送来之后，他让御前太监统统扔进一间小破屋了事。
边关的残破，内政的败坏，使万历朝后期的统治处于极度的混乱之中。这段时期，是一段“正不压邪”的至暗时期。
“东林党”的官吏们绝大多数被诽谤、陷害，大部分已遭不白之冤被迫“致仕”、“下野。那些少数在朝官员，也难以起到关键性作用。
这些人看到势头不好，只好“韬光养晦”，轻易不敢锋芒毕露。这就给了邪派官吏以可乘之机。齐党、楚党、浙党呈三足鼎立之势。齐党首领亓诗教、韩浚、周永春，楚党有官应震、吴亮嗣，浙党有刘廷元、姚宗文。这三个党派争风吃醋、飞扬跋扈，呼风唤雨，气焰极为嚣张。
这个时期，边关频须额告急，朝廷内部党争四起，把首辅方从哲简直闹得焦头烂额，走投无路，处境更加尴尬。皇上早就没了指望，群臣对朝政完全失去了信心。于是，群臣心中的所有不满和怨恨，都集中在方从哲一人身上。
许多大臣上疏弹劾方从哲枉居高位，尸位素餐，造成朝政如此混乱。方从哲连忙上疏辩解。
然而，群臣劾奏方从哲和方从哲自辩奏章，都石沉大海，再也没了信息。此时，万历皇帝之所以任用方从哲，正是看中了他软弱无能、唯唯诺诺这一面，这样一来给自己减少这么多麻烦。
如果换一个精明能干的首辅，今天一项改革，明天一个法令，左一个报告，右一通请示，简直会搅得他头昏脑涨。想起他登基之初，张居正和冯保对他的提携管教，他简直不知道那几年是怎么过来的。
虽然方从哲没有什么本事，却也为他挡掉了许多麻烦事。使他得以日以继夜地在后宫同嫔妃们饮酒作乐，看来还是值得的。
然而，当辽东边疆残破，努尔哈赤大举进攻的警报日甚一日，朝廷内官吏却不务政事，贪污受贿，党争日益激烈的情况下，朝中大臣的忍耐力已经达到了极限，他们再也不能容忍皇上的藐视和轻慢，再也不能容忍朝廷对大家的敷衍和塞责。
万历7年9月15日，60多名大臣来到文渊阁请愿，他们丢掉了平昔的温文尔雅，一个个污言秽语，甚至破口大骂。
责备方从哲空居高位，白食俸禄，毫无作为，纵容皇上沉溺后宫；包庇奸邪之徒摇唇鼓舌，煽风点火，搅乱朝政；对日益激烈的党争不分是非，不予裁夺，致使互相间争权夺利，造谣詈骂。
堂堂朝廷，竟然变为一片污浊不堪的混乱世界。大家最后归结到一点，让方从哲出面，迫使皇帝上朝理事。
方从哲虽然是个庸碌无能之人，但他毕竟知道羞耻。在大家骂声连天的喧嚣声中，脸红得像一块红布，连连向大家打拱作揖，答应率领大家到文华门请愿，请皇上视朝理事。
在群臣逼视之下，方从哲匆匆地写了一道请皇上接见群臣的简短疏文，随众人来到文华殿门前，将疏文交给御前太监张继。太监见众人来势汹汹，不可怠慢，旋即进去面见皇上。
方从哲怕皇上出来怪罪，不但乌纱难保，就是性命也有危险，便命令大家整整齐齐地跑在文华殿门外，皇上出来，起码先有个好印象。起初有的人不肯跪，方从哲好说歹说，大家才跪了下来。
足足等了一个时辰，皇上还杳无踪影。大臣中有人嘀嘀咕咕，有的人索性站起来，不再跪等。
正在这时，吏部尚书赵焕听说方从哲率大臣跪请皇上视朝，也率三科六部的一帮大臣前来会合。大家等啊，等啊，又过了一个时辰，已是日上中天。
虽说已是中秋，但户外的阳光仍然十分强烈。灼热的阳光射在身上，不一会儿汗水就浸了出来，再加上众人穿得是朝服，又厚又硬，身上更加燥热，便不再跪等。
大家纷纷站起来，你一言我一语地议论起国事，说皇上昏庸腐朽，只知道享受，不理政事；指桑骂槐、旁敲侧击地骂方从哲只贪图高位，不管国事艰危，对上低眉顺眼，对下虎假狐威的卑劣行径。
方从哲涨红着脸，只是低着头不敢言语。他知道，在这种场合，“光棍不吃眼前亏”，他稍有言语唐突，这群素日胸中早已积满怨气的大臣，不把他活活撕碎才怪。
一时间，整个文华门外，乱糟糟的成了贸易市场。还有的性情暴烈的大臣，竟当众大骂起来。虽然众人觉得不堪入耳，但谁也不想制止。
自从众大臣跪倒在文华门外之后，御前太监张继就迈动双腿，小跑步到后宫去请万历皇帝。到了贴身太监王安这儿，被拦住了。说是皇上昨晚驾幸一位刚从江南来的妃子，又通宵达旦地喝了一夜酒，此刻刚刚睡下，他也不敢搅扰皇上的好梦。
御前太监张继急赤白脸地说：“王公公，不是我不懂道理，怎奈内阁首辅方从哲、吏部尚书赵焕率领大臣共100多名，齐齐地跪在文华门外，请求皇上面见群臣，商议边关和内患大事，如果皇上再不出面，恐酿出大祸啊！”
贴身太监王安也叹了一口气说：“是啊，皇上也是太不象话了。自从权相张居正死后，他就开始懒于上朝。到现在，皇上已经有20多年不上朝了。