张士贵见尤俊达等人将李承乾和李元昌到洛阳，急忙叫人将他们收监，等返回长安后交给李世民亲自审问。
取得胜利后，张士贵又上疏说明情况，李世民得到奏章，由于担心薛仁贵等人心怀不轨，于是叫张士贵将他们遣散回原籍，奖赏一律照发。
张士贵接到圣旨后不敢松懈，安排好一事务后，便将薛仁贵等人找来，说：“由于事出有因，所以圣上颁下圣旨，将在座的各位将军暂时送回原地，如果将来用得着的时候，本帅必定亲自前去将各位招请回来，还请各位理解本帅的苦衷。”
薛仁贵说：“人生一世，就是希望能报效朝廷，既然太子已经平定，我们就暂时回去吧！我已经有很多年没有回家，早已经错过了和未婚妻的约定，而且高堂还有母亲健在，也应该回去看看了。”
姜兴霸说：“这皇帝老儿也太不讲信用了，为他出生入死，到头来却返回原地，真让人感到痛心。”
姜兴霸的话就是大家的心声，但由于是李世民的决定，所以不敢违抗。
张士贵设宴为各位大将饯别，吃过这顿饭，大家便收拾行李，各自返回家乡。
送走各位将领后，张士贵将事情安排妥当，便将李承乾、李元昌、李安俨、杜荷四人关进囚车押往长安，交由李世民亲自审问。
虽然平定了太子叛乱，但李世民没有想象中的那么高兴，心情显得十分沉重，但又不得不给天下人一个交代。
早朝的时候，张士贵说：“太子已经押回洛阳，这是圣上的洪福，也是天下人的福祉，请圣上亲自审问。另外，薛仁贵等人武艺精湛，都是难得的栋梁，希望朝廷能酌情加以任用，以便将来报答朝廷。”
“至于薛仁贵等人，现在叛乱已经平定，能用得着武将的地方不多，所以暂时将他们遣返，等将来有机会了一定会将他们请来，对于物质方面的奖励，一分都不会少。另外，早朝后将李承乾等人押到大殿，朕要亲自审问。”
“臣遵旨！”
早朝结束后，张士贵叫人给李承乾等人带到行宫，李承乾看到周围熟悉的一切，不免心生感慨，如果当初他能听进去李世民的劝告，不要疑神疑鬼，也不会走到这天。
张士贵走进大殿，对李世民说：“圣上，李承乾等人已经押来。”
“带到大殿来吧！”
李承乾走进大殿，随即跪在地上，也不叫父亲也不问好，只是一味低着头。
李世民说：“你是朕的亲儿子，朕对你宠爱有加，你却不思进取，常怀叛逆之心，致天下苍生生命于不顾，当张卿率领大军前来时，你不但不下马受降，反而调取兵马攻城略地，你以为你有李元昌、侯君集等人帮助，就能从此得志，夺取朕的皇位吗？要是朕不愿意，你就休想。这已经不是朕的家事，而是国事了，如此滔天大罪，朕要是饶了你天底下的百姓可不会同意，你有什么话尽管说吧！”
“如此昏君，你虽然将我绑来，那是因为我误听了臣子的计谋，所以才中了张士贵的诡计。你时时刻刻都想着废立太子，这怎么能让我安心呢？你不要逞强，我看你已经没了多少时日，我死了没有什么值得同情的，但到你死的时候，又有谁会像我这样有本事，替你收拾残局呢？”
“事到如今，你依然不理解朕的一番苦心，朕时时刻刻都在培养你，希望你将来能掌控大唐，并且朕多次向你表明，朕不会因为你的腿脚有病就会废太子，你偏不听，非得要犯上作乱。”
“如果你早点把皇位传给我来，我怎么可能起兵呢？这一切都是你造成的，我有责任你同样有责任，我一个人起兵又算了，那为什么齐王李佑为什么也要起兵呢？”
李世民坐在龙椅上，他紧闭双眼，想着不争气的儿子，他的心里在滴血，但又不能对任何人说，只能将它默默地咽下肚子。
过了好一会，李世民才慢悠悠地说：“把他们押往大理寺严加看管，择日再宣布结果。”
“是！”
李承乾等人被押下去后，李世民心想：“李承乾逼宫谋反这本来就是罪不可赦的大罪，自己始终深爱着这个儿子，不忍心将他处死，但又不能带头违反相关规定。”
于是说：“众卿都说说吧！对于李承乾谋逆一事，该怎么进行处置才妥当呢？”
大家面面相觑额，不知道说什么好，也不知道李世民需要什么答案，大家沉默了许久。
“你们都说话啊！怎么到了关键时刻都变哑巴了？”
李绩说：“圣上，按照大唐律法，李承乾等人谋反那是罪不可恕的死罪，应该斩首以证典刑。”
“终于有人开口了，其他人的意见呢？都说说吧！”
来济看出了李世民的心思，于是说：“圣上，太子起兵作乱这当然是死罪，但做为父亲应该给与应有的关爱，这样才能有一个好的晚年，这才是人间最大的善。”
李世民见来济这么一说，随即眼前一亮，说：“朕已经失去了一个儿子，作为父亲我又怎么不心痛呢？只是这逆子做事情太过决绝，不给人留后路。”
来济说：“圣上，我就明说吧！对于其他几个从犯必须按照大唐律法严格执行，让天下人知道犯上作乱都会得到相应的处罚。对于太子李承乾，臣建议将他废为庶人，然后再流放到外地。”
“传旨，将李承乾废为庶人，流放到西南黔州，李元昌、李安俨、杜荷、侯君集四人，三天后拉到午门外斩首示众。”
张士贵说：“圣上，侯君集是凌烟阁功臣之一，既然处决了他，还有必要保留他的图像吗？”
“侯君集对大唐有功，图像就不要拆了，还是保留下来吧！另外李安俨也是有功之臣，他九十多岁的父亲，就由奴婢进行赡养送终，所有银两由朝廷负责。”